Основан в XIII веке святым благоверным князем Даниилом Московским, сыном святого благоверного великого князя Александра Невского, на месте, занимаемом теперь Даниловым монастырем.
Там Спасский монастырь пробыл недолго, всего несколько десятилетий. Сын святого Даниила благочестивый Иоанн Калита, ставший великим князем в 1328 году, пожелал видеть вблизи своего дворца иноческую обитель и по благословению митрополита Феогноста в 1330 году перенес монастырь на Кремлевский Боровицкий холм к храму Преображения Господня.
Новое место для Спасо-Преображенского монастыря, называемое Васильевским станом, было выбрано неслучайно. Здесь дважды стоял со своим войском Василий Темный: против татарского хана и во время междоусобной борьбы против Дмитрия Шемяки. Высокий берег реки служил своеобразным сторожевым пунктом на подступах к Москве с юга.
По новому месту Спасо-Преображенский монастырь стали называть Новым или на Новом, а впоследствии — Новоспасским. Первоначально все здания монастыря, кроме собора, были деревянными. Соборный храм в честь Преображения Господня был заложен в 1491 году. В 1497 году собор был освящен.
При Иване Грозном монастырь превратили в могучую крепость: усилили крепостные бревенчатые стены с башнями, выстроили дополнительно острожек, укрепленный земляным валом, тыном и окруженный рвом.
Обители пришлось не единожды защищать столицу от нападения татар. Так, в 1521 году крепостные стены монастыря стали свидетелями набега татарского хана Махмет-Гирея. В 1571 году — нападения орд крымского хана Давлет-Гирея. Врагов, подбиравшихся к крепости, встречали частыми залпами пушечного и ружейного огня, в упор били по врагу из нижних бойниц, прицельным залпом разили неприятеля бойницы второго яруса крепостных стен и башен, а бойницы третьих ярусов вели перекрестный огонь по осаждающим.
Когда крымский хан Казы-Гирей в 1591 году подошел с войском к Москве, Новоспасский монастырь стал надежным оплотом Москвы с юга. Крымская орда в этом сражении понесла большой урон и с той поры уже больше никогда не подходила к Москве.
В самом начале XVII столетия монастырь успешно выдерживал осаду польских захватчиков. У его стен русское ополчение готовилось к окончательному освобождению столицы от польско-литовских интервентов. «У стен Новоспасского... в 1612 году на Крутицах князь Пожарский и верная дружина целовали крест, чтобы спасти Москву и положить за нее свои головы». Но даже после освобождения Москвы от поляков монастырь не утратил своего оборонного значения.